EKEL on assotseerunud organisatsiooniga International Association for Christian Education (Internationaler Verband für Christliche Erziehung und Bildung), mis on erinevatest Euroopa riikidest pärit haridusühenduste katuseorganisatsioon, mille eesmärk on toetada kristlikku haridust nii erakoolides kui avalik-õiguslikes koolides.
EKEL´ile olulisteks koostööpartneriteks on Eesti Kirikute Nõukogu ning Haridus- ja Teadusministeerium.