EKEL on assotsieerunud organisatsiooniga International Association for Christian Education (Internationaler Verband für Christliche Erziehung und Bildung), see on Euroopa riikidest pärit haridusühenduste katusorganisatsioon, mille eesmärk on toetada kristlikku haridust. Üleeuroopalises võrdluses on meie liit erandlikult positiivseks näiteks protestantlike, katoliiklike ja ka õigeusklike koolide koostööst ühe organisatsiooni raames.
EKEL on Haridus- ja teadusministeeriumi ametlikult tunnustatud strateegiline partner. Liit on esindatud Eesti Kirikute Nõukogu haridustöö ümarlaual koostöö raames.