EKEL on assotseerunud organisatsiooniga International Association for Christian Education (Internationaler Verband für Christliche Erziehung und Bildung), mis on Euroopa riikidest pärit haridusühenduste katuseorganisatsioon, mille eesmärk on toetada kristlikku haridust.
EKEL´ile olulisteks koostööpartneriteks on Eesti Kirikute Nõukogu ning Haridus- ja Teadusministeerium.